22 Jun 2011

SOAL POST-TEST BIOLOGI MOLEKULER FABIO UNSOED


VEKTOR KLONING

1. Enzim EcoR I memotong plasmid pBR322

A. di daerah resisten ampisilin.

B. di daerah resisten tetrasiklin.

C. di daerah resisten ampisilin dan resisten tetrasiklin.

D. di luar daerah resisten ampisilin dan resisten tetrasiklin.

E. di daerah ori.

2. Jika fragmen DNA disisipkan di daerah resisten ampisilin, maka DNA rekombinan yang terbentuk akan menyebabkan sel inang

A. tumbuh pada medium ampisilin dan tetrasiklin.

B. tumbuh pada medium ampisilin tetapi mati di medium tetrasiklin.

C. tumbuh pada medium tetrasiklin tetapi mati di medium ampisilin.

D. tidak tumbuh baik pada medium ampisilin maupun tetrasiklin.

E. tidak tumbuh pada semua medium yang mengandung antibiotik.

3. Jika fragmen DNA disisipkan di daerah resisten tetrasiklin, maka DNA rekombinan yang terbentuk akan menyebabkan sel inang

A.tumbuh pada medium ampisilin dan tetrasiklin.

B. tumbuh pada medium ampisilin tetapi mati di medium tetrasiklin.

C. tumbuh pada medium tetrasiklin tetapi mati di medium ampisilin.

D. tidak tumbuh baik pada medium ampisilin maupun tetrasiklin.

E. tidak tumbuh pada semua medium yang mengandung antibiotik.

4. Jika penyisipan fragmen DNA tidak berhasil, maka sel inang hasil transformasi

A. tumbuh pada medium ampisilin dan tetrasiklin.

B. tumbuh pada medium ampisilin tetapi mati di medium tetrasiklin.

C. tumbuh pada medium tetrasiklin tetapi mati di medium ampisilin.

D. tidak tumbuh baik pada medium ampisilin maupun tetrasiklin.

E. tidak tumbuh pada semua medium yang mengandung antibiotik.

5. Jika penyisipan fragmen DNA dilakukan di daerah resisten tetrasiklin tetapi transformasi tidak berhasil, maka sel inang yang diperoleh

A. tumbuh pada medium ampisilin dan tetrasiklin.

B. tumbuh pada medium ampisilin tetapi mati di medium tetrasiklin.

C. tumbuh pada medium tetrasiklin tetapi mati di medium ampisilin.

D. tidak tumbuh baik pada medium ampisilin maupun tetrasiklin.

E. tidak tumbuh pada semua medium yang mengandung antibiotik.

6. Vektor kloning berikut dapat digunakan pada inang prokariot, kecuali

A. plasmid

B. bakteriofag

C. kosmid

D. fasmid

E. YACs

7. Syarat-syarat plasmid untuk digunakan sebagai vektor kloning adalah sebagai berikut:

A. ukuran relatif kecil bila dibandingkan dengan pori dinding sel inang

B. mempunyai sekurang-kurangnya dua gen marker yang dapat menandai masuk tidaknya plasmid ke dalam sel inang,

C. mempunyai tempat pengenalan restriksi sekurang-kurangnya di dalam salah satu marker sebagai tempat penyisipan fragmen DNA

D. mempunyai titik awal replikasi (ori)

E. Semua benar

8. Perbedaan antara berbagai vektor kloning terletak pada

A. Ada tidaknya ORI

B. Situs enzim restriksi yang dimiliki

C. Ukuran fragmen DNA sisipan yang mampu diakomodasi

D. Jenis marker penanda masuk tidaknya vektor kedalam sel inang

E. Struktur dan ukuran vektor

9. Berikut ini yang merupakan vektor kloning alami adalah

A. Plasmid pBR322

B. Plasmid T127

C. Plasmid Ti

D. Plasmid pBR325

E. Plasmid pC194

10. Berikut ini yang merupakan karakteristik vektor kloning M13 adalah

A. Ketika keluar dari sel inang DNA M13 akan menjadi partikel fag yang infektif dan

menyebabkan lisis

B. Ukuran DNA asing yang dapat disisipkan kepadanya tidak terbatas

C. Memiliki banyak tempat pengenalan enzim restriksi

D. Sebagai partikel fag infektif DNA M13 dapat menyebabkan pertumbuhan sel-sel tidak terkendali dan membentuk tumor (crown gall).

E. Semua pernyataan salah

PETA RESTRIKSI

1.HAL-HAL DI BAWAH INI ADALAH CONTOH MANFAAT PETA RESTRIKSI, KECUALI

A. MENGETAHUI KEKERABATAN ANTARINDIVIDU

B. MENGETAHUI SEKUENS SUATU FRAGMEN INSERT

C. MENGETAHUI ORIENTASI FRAGMEN INSERT DI DALAM VEKTOR

D. MEMBUAT PLASMID REKOMBINAN

E. MEMBUAT DNA MARKER

2. UNTUK MENGONSTRUKSI pUC19 REKOMBINAN DIPERLUKAN PETA RESTRIKSI PADA

A. pUC19

B. FRAGMEN INSERT

C. ENZIM RESTRIKSI

D. pUC19 DAN FRAGMEN INSERT

E. pUC19 DAN ENZIM RESTRIKSI

3. DASAR PEMILIHAN ENZIM RESTRIKSI UNTUK MEMBUAT SUATU PLASMID REKOMBINAN DITENTUKAN OLEH PETA RESTRIKSI PADA

A. FRAGMEN INSERT

B. PLASMID

C. DNA GENOMIK

D. PLASMID DAN FRAGMEN INSERT

E. DNA GENOMIK DAN FRAGMEN INSERT

4. PERBEDAAN ORIENTASI FRAGMEN INSERT DAPAT MENYEBABKAN

A. PERBEDAAN EKSPRESI GEN

B. TERBENTUKNYA UJUNG TUMPUL

C. KEGAGALAN PROSES LIGASI

D. KEGAGALAN PROSES TRANSFORMASI

E. SEMUA JAWABAN DI ATAS BENAR

5.

JIKA ARAH ORIENTASI FRAGMEN INSERT ADALAH DARI A KE B DAN PANJANG pUC19 SEKITAR 3 KB dan sisi pemotongan EcoRI di vektor pUC19 tepat di belakang sambungan B, MAKA PEMOTONGAN DENGAN ENZIM BamHI dan EcoRI AKAN MENGHASILKAN FRAGMEN DNA DENGAN UKURAN SEKITAR

A. 1 KB DAN 2 KB

B. 2 KB DAN 4 KB

C. 1 KB DAN 3 KB

D. 1 KB DAN 5 KB

E. 2 KB DAN 5 KB

6. JIKA ARAH ORIENTASI FRAGMEN INSERT ADALAH DARI B KE A DAN PANJANG pUC19 SEKITAR 3 KB dan sisi pemotongan EcoRI di vektor pUC19 tepat di belakang sambungan B, MAKA PEMOTONGAN DENGAN ENZIM BamHI dan EcoRI AKAN MENGHASILKAN FRAGMEN DNA DENGAN UKURAN SEKITAR

A. 1 KB DAN 2 KB

B. 2 KB DAN 4 KB

C. 1 KB DAN 3 KB

D. 1 KB DAN 5 KB

E. 2 KB DAN 5 KB

7. HAL-HAL TENTANG DNA MARKER DI BAWAH INI BENAR, KECUALI

A. DIGUNAKAN UNTUK MENDUGA UKURAN FRAGMEN DNA

B. DIBUAT SETELAH DIKETAHUI SEKUENS BASANYA

C. DIKONTRUKSI MENGGUNAKAN ENZIM RESTRIKSI TERTENTU

D. BERUPA FRAGMEN-FRAGMEN DNA YANG TELAH DIKETAHUI STRUKTUR MOLEKULNYA

E. BERUPA FRAGMEN-FRAGMEN DNA YANG TELAH DIKETAHUI UKURANNYA

8. RFLP DAPAT DIMANFAATKAN UNTUK HAL-HAL BERIKUT INI, KECUALI

A. DETEKSI PENYAKIT GENETIK

B. SOLUSI KASUS KRIMINALITAS

C. KONSTRUKSI DNA REKOMBINAN

D. ANALISIS KEKERABATAN ANTARINDIVIDU

E. SEMUA JAWABAN DI ATAS BENAR

9. KOMPONEN YANG TIDAK DIPERLUKAN DALAM PEMBUATAN PETA RESTRIKSI:

A. SAMPEL DNA YANG MURNI

B. FRAGMEN INSERT

C. BUFER RESTRIKSI

D. KOFAKTOR ENZIM RESTRIKSI

E. ENZIM RESTRIKSI

10. GRAFIK HUBUNGAN ANTARA JARAK MIGRASI FRAGMEN DNA PADA ELEKTROFORESIS DAN UKURANNYA

BERUPA

A. KURVA LINIER

B. KURVA LOGARITMIK

C. KURVA NORMAL

D. SEMUA JAWABAN DI ATAS BENAR

E. SEMUA JAWABAN DI ATAS SALAH

PCR

1.Kemikalia di bawah ini merupa-kan komponen reaksi PCR, KECUALI

A. primer oligonukleotida

B. deoksinukleosida trifosfat

C. DNA templat

D. enzim restriksi

E. enzim DNA polimerase termostabil

2. Sintesis DNA secara in vitro di dalam reaksi PCR berlangsung pada suhu

A. 37°C

B. 50°C

C. 72°C

D. 94°C

E. 95°C

3. Polimerisasi primer mundur (reverse primer) berlangsung dari arah

A. 3’ ke 5’

B. 5’ ke 3’

C. 5’ ke 3’ kemudian 3’ ke 5’

D. 3’ ke 5’ kemudian 5’ ke 3’

E. ujung 3’- OH bebas

4. Daerah pada DNA templat yang diharapkan terletak di antara posisi penempelan kedua primer dikenal sebagai

A. promoter

B. Shine-Dalgarno

C. daerah konservatif

D. sekuens target

E. primer dimer

5. Jika n adalah banyaknya putaran reaksi di dalam suatu proses PCR, maka pada putaran yang ke-n akan

diperoleh fragmen untai ganda pendek hasil amplifikasi sebanyak

A. 2 pangkat n dikurang 2 kali n

B. 2 kali n dikurang 2 pangkat n

C. n pangkat 2 dikurang 2 kali n

D. dua kali n dikurang n pangkat 2

E. n pangkat 2 dikurang 2 kali n

6. Manfaat teknik PCR adalah untuk

A. membuat fragmen pelacak (probe)

B. memperbanyak suatu fragmen DNA tertentu

C. melakukan sintesis DNA secara in vitro

D. A dan B benar

E. A, B, dan C benar

7. Peristiwa yang terjadi selama proses PCR adalah

A. pemisahan DNA templat untai ganda menjadi untai tunggal

B. penempelan primer pada sekuens DNA yang komplementer

C. sintesis sekuens DNA target

D. perpanjangan rantai DNA mulai dari tempat melekatnya primer hingga ujung 5’ DNA templat

E. semua benar

8. Pernyataan berikut ini benar, KECUALI

A. Primer dapat dirancang atas dasar informasisekuens homolog dengan sekuens target (sekuens daerah lestari).

B. Primer sebaiknya memiliki sesedikit mungkin kandungan GC.

C. Analisis perancangan primer dilakukan untuk menghindari terjadinya primer dimer dan mispriming.

D. Primer maju dan primer mundur sebaiknya memiliki titik leleh (Tm) yang relatif sama.

E. Primer dibuat komplementer dengan daerah sekuens target yang akan diperbanyak.

9. Teknik PCR pada dasarnya mirip dengan replikasi DNA in vivo. Pernyataan berikut yang TIDAK BENAR adalah

A. Replikasi DNA menggunakan RNA sebagai primer, sedangkan PCR menggunakan DNA sebagai primer.

B. Replikasi DNA terjadi di sepanjang untai DNA, sedangkan PCR hanya memperbanyak sekuens DNA target.

C. Replikasi DNA dan PCR menggunakan enzim yang berbeda dalam sintesis DNA.

D. Pemisahan untai DNA pada replikasi DNA terjadi secara enzimatis, sedangkan pada PCR pemisahan terjadi akibat perlakuan suhu tinggi.

E. A, B, C, D semuanya benar.

10. Daerah lestari (conserved area) adalah

A. daerah pada suatu gen tertentu yang memiliki homologi tinggi antara satu spesies/strain dan spesies/strain lainnya

B. gen yang sama antara satu spesies/strain dan spesies/strain lainnya

C. daerah yang urutan asam aminonya spesifik/unik pada masing-masing spesies/strain

D. daerah yang berisi gen-gen yang penting untuk kelestarian suatu spesies/strain

E. daerah yang berisi gen-gen yang penting untuk fungsi dasar sel pada semua organisme

AFLP

1.Pernyataan yang tidak benar tentang teknik AFLP di bawah ini adalah

A.Merupakan salah satu teknologi marka DNA yang digunakan untuk mendapatkan sidik jari genomik.

B.Melibatkan pemotongan dengan enzim restriksi dan amplifikasi fragmen hasil restriksi melalui PCR.

C.Melibatkan amplifikasi selektif fragmen-fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi.

D.Serupa dengan RFLP dimana DNA genom dipotong menggunakan enzim restriksi kemudian langsung dielektroforesis.

E.Dapat digunakan untuk mendeteksi perbedaan pita DNA antara berbagai sampel .

2. Perbedaan teknik AFLP dan RFLP terletak pada:

A.Ada tidaknya prosedur penggunaan enzim restriksi

B.Ada tidaknya prosedur elektroforesis

C.Ada tidaknya tahap amplifikasi fragmen melalui PCR

D.Jenis adaptor yang digunakan

E. Organisme/sampel yang dapat digunakan dalam analisis.

3.Pernyataan yang tidak benar tentang manfaat teknik AFLP adalah:

A.Menguji kekerabatan antar berbagai spesies/strain.

B.Menguji kasus kriminal.

C.Mendeteksi polimorfisme dalam populasi.

D.Membuat peta analisis quantitative trait loci (QTL).

E. Tidak dapat digunakan untuk mendeteksi hubungan genetik antara berbagai organisme.

4.Tahapan teknik AFLP yang benar adalah

A.Ligasi fragmen DNA dengan adaptor – pemotongan DNA dengan enzim restriksi – amplifikasi praselektif – amplifkasi selektif fragmen DNA - elektroforesis

B.Pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi - ligasi fragmen DNA dengan adaptor - amplifikasi praselektif - amplifikasi selektif fragmen DNA - elektroforesis.

C.Amplifikasi sekuen DNA praselektif dan selektif – pemotongan DNA hasil amplifikasi dengan enzim restiksi – elektroforesis fragmen-fragmen DNA

D.Pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi - amplifikasi praselektif - amplifikasi selektif fragmen DNA - ligasi fragmen DNA dengan adaptor - elektroforesis.

E. Pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi – elektroforesis - ligasi fragmen DNA dengan adaptor - amplifikasi praselektif - amplifikasi selektif fragmen DNA

5.Berikut ini yang BUKAN merupakan ciri primer yang digunakan dalam AFLP

A.Terdiri atas core sequence, sekuen spesifik enzim dan sekuen selektif

B.Core sequence merupakan sekuen yang terdapat pada adaptor

C.Sekuen spesifik enzim merupakan sekuen pengenalan pemotongan enzim yang digunakan untuk memotong DNA

D.Sekuen selektif merupakan sekuen yang menentukan fragmen DNA dalam genom yang akan diamplifikasi

E.Core sequence merupakan sekuen utama yang akan memilih secara acak daerah genom yang akan diamplifikasi

6. Hal-hal berikut merupakan ciri AFLP , KECUALI

A.Menggunakan primer yang sekuen basanya bersifat acak .

B.Menggunakan adaptor.

C.Menggunakan dua macam enzim restriksi.

D.Menggunakan teknik elektroforesis untuk memisahkan fragmen-fragmen hasil amplifikasi.

E. Menggunakan enzim DNA ligase.

7. Elektroforesis DNA hasil PCR AFLP yang dapat memisahkan fragmen-fragmen DNA dengan perbedaan satu basa menggunakan komponen

A. Etidium bromida

B. Gel poliakrilamida

C. UV transiluminator

D. Agarosa

E. Semua benar

8. Analisis pita-pita DNA hasil AFLP dilakukan dengan cara:

A. menggunakan densitoscanner beresolusi tinggi

B.data dapat dianalisis menggunakan software tertentu

C. pita-pita DNA dapat diskor secara manual

D. skoring pita DNA didasarkan pada ada tidaknya pita tersebut pada berbagai sampel yang diamati

E.Semua pernyataan benar

9. Pernyataan yang tidak benar tentang pola sidik jari DNA hasil AFLP adalah

A.Semakin banyak basa selektif yang digunakan semakin sedikit jumlah fragmen yang dihasilkan

B.Amplifikasi praselektif bertujuan mengurangi jumlah fragmen DNA yang dihasilkan

C.Tahap amplifikasi praselektif menghasilkan lebih banyak fragmen dibandingkann amplifikasi selektif

D.Tahap amplifikasi selektif menghasilkan lebih sedikit fragmen dibandingkan amplifikasi praselektif.

E.Hasil elektroforesis produk AFLP memperlihatkan pola pita DNA yang smear.

10.Dua spesies/strain yang saling berkerabat dekat memiliki hasil AFLP berikut .

A. Pola pita AFLP diantara keduanya sama sekali berbeda

B. Hubungan kekerabatan tidak dapat ditentukan berdasarkan pola pita DNA keduanya

C. Karena banyaknya sekuen yang mirip, hasil elektroforesis kedua sampel tampak smear

D. Pola pita AFLP antara keduanya lebih mirip dibandingkan spesies/strain lain yang hubungan genetiknya lebih jauh

E. Semua pernyataan salah

SEKUENSING DNA

1. Pada proses sekuensing menggunakan metode Maxam- Gilbert antara lain diperlukan

A. dNTP

B. ddNTP

C. piperidin

D. primer oligonukleotida

E. DNA polimerase termostabil

2. Jika hasil sekuensing suatu fragmen DNA adalah 5’- AATGCAGCCACACGT-3’,

maka di dalam tabung yang berisi ddATP akan terdapat

A. 1 macam fragmen

B. 2 macam fragmen

C. 3 macam fragmen

D. 4 macam fragmen

E. 5 macam fragmen

3. Di dalam tabung yang berisi ddGTP fragmen DNA pada soal nomor 2

(AATGCAGCCACACGT-3’) terdapat

A. 1 macam fragmen

B. 2 macam fragmen

C. 3 macam fragmen

D. 4 macam fragmen

E. 5 macam fragmen

4. Perbedaan antara metode Maxam-Gilbert dan metode Sanger antara lain terletak pada

A. ada tidaknya penggunaan radioisotop

B. cara mendapatkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran

C. elektroforesis yang digunakan untuk visualisasi fragmen2 DNA

D. tujuan dilakukannya sekuensing DNA

E. sekuens DNA yang dihasilkan

5. Proses sekuensing DNA dapat melibatkan hal-hal berikut, kecuali

A. Fragmentasi DNA menggunakan enzim restriksi

B. Fragmentasi DNA menggunakan piperidin

C. Elektroforesis fragmen-fragmen DNA menggunakan gel poliakrilamid

D. Elektroforesis fragmen-fragmen DNA menggunakan gel agarosa

E. Modifikasi kimiawi basa nitrogen menggunakan dimetilsulfat

6. Terminasi proses polimerisasi DNA pada sekuensing dengan metode Sanger disebabkan

oleh

A. molekul ddNTP

B. molekul dNTP

C. bahan kimia piperidin

D. enzim restriksi

E. bahan kimia dimetilsulfat

7. Karakteristik penting yang dapat diamati pada suatu sekuens DNA meliputi

A. peta restriksi

B. letak kodon awal dan kodon akhir

C. hubungan kekerabatan dengan sekuens2 lain yang telah diketahui

D. letak promotor suatu gen

E. semua benar

8. Berikut ini adalah manfaat langsung sekuensing DNA kecuali

A. mengetahui urutan basa lengkap suatu gen tertentu

B. melakukan rekayasa genetik pada basa-basa tertentu

C. mendeteksi ada tidaknya mutasi pada suatu gen

D. mengetahui besarnya/ukuran suatu gen tertentu

E. mengetahui karakteristik sekuens suatu gen

9. Fragmentasi DNA menjadi berbagai ukuran untuk keperluan sekuensing, dilakukan dengan cara:

A. Mengatur waktu inkubasi DNA dalam piperidin

B. Mengatur konsentrasi piperidin

C. Mengatur waktu inkubasi dan konsentrasi dimetilsulfat

D. A dan B benar

E. A, B dan C benar

10. Pernyataan yang benar tentang pangkalan data sekuens DNA adalah

A. Berisi data total sekuens DNA dari berbagai spesies

B. Berisi data total sekuens DNA dari spesies tertentu saja

C. Berisi data sekuens DNA gen-gen tertentu dari berbagai spesies

D. Berisi data sekuens DNA gen-gen tertentu dari spesies tertentu

E. Semua pernyataan salah

Tidak ada komentar:

Posting Komentar